Конечно и так может быть, для того и комплексная диагностика, чтоб знать проблемные места и по результатам диагностики - торговаться с продавцом. Конечно диагностика не 100% гарантия что ты не попадешь еще на деньги, но представления будут.
Диагностика может выявить далеко не все. Делать ее обязательно надо, чтобы хоть какую-то часть неисправностей исключить. Но всего она не выявет. Во-первых все можно выявить только если разобрать машину до винтика, во-вторых есть способы как даже то, что диагностируется скрыть от внешней диагностики. К примеру по подвеске можно наставить з/ч китайского производства, на диагностике будет "новый автомобиль", еще в цену хозяин включит "полностью заменена подвеска!". А через 10 тысяч ее также полностью менять придется. Косяки по электрике довольно часто плавающие, т.е. то есть - то нет. Не факт что они будут в момент диагностики. Подубитый двигатель можно временно "восстановить" всякими присадками, хватает на очень недолго, но на продажу пойдет.
Сам я всем вышеперечисленным заниматься никогда бы не стал, но сами знаете все люди разные. Закладывать деньги на непредвиденный ремонт при покупки б/у авто всегда надо, причем чем выше уровень авто (заметьте именно уровень, а не цена), там больше денег.